Ông Nguyễn Hồng Phong sinh tại làng Văn Ấp, xã Bồ Đề, huyện Bình Lục, tỉnh Hà Nam, xuất thân trong một gia đình công chức nhỏ. Cuối năm 1948 sau khi học xong trung học phổ thông, ông trở thành hội viên Hội Nghiên cứu Chủ nghĩa Mác ở Liên khu I. Sau một thời gian làm công tác truyền bá, giảng dạy về chính trị và triết học, năm 1956, ông chuyển về công tác tại Ban Nghiên cứu Văn Sử Địa, tiền thân của Viện Sử học, Viện Văn học và Viện Khoa học xã hội ngày nay.